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肠功能的紊乱治疗需要根据不同的病因，感染、炎症、肿瘤、免疫的疾病都可能引起肠道功能的紊乱。
如果是功能性的，实际上是肠易激综合征，是肠功能紊乱最常见的形式，治疗需要根据症状的不同使用药物，比如腹泻为主、便秘为主或者腹泻便秘交替的混合性为主。
腹泻为主就使用止泻的药物，便秘为主要用通便的药物，针对腹痛或者腹部不适，通常采用以解痉、改善肠道功能的药物。
病情更严重的还可以用一些调节神经递质的药物，包括色氨酸等等。
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